Sebuah disk magnetik yang baru sebenarnya hanyalah sebuah slate kosong yang berupa piringan magnetik untuk menyimpan sesuatu. Sebelum disk tersebut dapat menyimpan data, harus dilakukan proses low-level formatting/ physical formatting, yaitu membagi disk menjadi beberapa sektor dan mengisinya dengan struktur data tertentu (biasanya header, area data, dan trailer) agar dapat dibaca dan ditulis oleh disk controller.
Salah satu informasi yang dibutuhkan oleh disk controller adalah error-correcting code (ECC). Disebut seperti itu karena jika terdapat satu atau dua bit data yang corrupt, controller dapat mengidentifikasi bit mana yang berubah dan mengoreksi nya. Proses ini otomatis dilakukan oleh controller setiap membaca atau menulis pada disk.
Low-level formatting berfungsi agar pihak manufaktur dapat mengetes disk dan menginisialisasi mapping dari lojikal nomor blok ke pendeteksi sektor kosong. Semakin besar ukuran sektor yang diformat, semakin sedikit sektor yang dapat diisi pada masing-masing track dan semakin sedikit header dan trailer yang ditulis pada setiap track. Hal ini berarti ruang yang dapat digunakan untuk data semakin besar.
Agar disk dapat menggunakan suatu berkas, sistem operasi membutuhkan untuk menyimpan struktur datanya pada disk. Langkah pertama adalah membagi disk menjadi satu/lebih silinder (partition), sehingga sistem operasi dapat memperlakukannya sebagai disk yang terpisah. Langkah kedua adalah logical formatting, atau membuat sistem berkas. Pada langkah ini, sistem operasi menyimpan struktur data yang telah diinisialisasi ke disk.
Raw I/O adalah array pada blok lojikal yang memiliki kemampuan untuk menggunakan suatu partisi disk tanpa struktur data dari sistem berkas. Dengan partisi raw ini, untuk beberapa aplikasi tertentu akan lebih efisien dari segi penyimpanan. Tetapi kebanyakan aplikasi akan berjalan lebih baik dengan servis sistem berkas biasa.
Ketika pertama kali menjalankan komputer, dibutuhkan program yang sudan diinisialisasi, yaitu bootstrap. Yang diinisialisasi adalah segala aspek sistem, dari CPU register sampai device controller dan isi dari main memory, kemudian menjalankan sistem operasi. Untuk itu bootstrap mencari kernel sistem operasi pada disk, me-load-nya ke memori, dan menggunakan alamat yang telah diinisialisasi untuk mulai menjalankan sistem operasi.
Hampir semua komputer menyimpan bootstrap pada Read-Only Memory (ROM). Alasannya karena ROM tidak membutuhkan inisialisasi dan berada pada lokasi yang tetap dimana prosesor tetap dapat mengeksekusinya ketika komputer baru dinyalakan/ di-reset. Kelebihan lainnya karena ROM read-only, ia tidak dapat terkena virus. Tetapi masalah yang timbul adalah jika kita mengubah kode bootstrap berarti mengubah chip ROM juga. Untuk mengatasinya, sistem menyimpan bootstrap loader di ROM, yang hanya berfungsi untuk memasukkan seluruh program bootstrap dari disk. Boot blocks adalah suatu partisi untuk menyimpan seluruh program bootstrap. Boot disk atau system disk adalah disk yang memiliki partisi boot.
Bad blocks adalah satu/lebih sektor yang rusak pada suatu disk. Pada disk sederhana, bad blocks diatasi secara manual. Untuk disk yang lebih kompleks seperti disk SCSI, bad blocks diatasi dengan sector sparing atau forwarding, yaitu controller dapat mengganti sektor yang rusak dengan sebuah sektor yang terpisah. Alternatif lainnya adalah mengganti sektor tersebut dengan cara sector slipping.
Mengganti blok yang rusak bukan sepenuhnya merupakan proses yang otomatis, karena data-data yang tersimpan sebelum nya akan terhapus.